水源热泵回灌井堵塞和溢出是比较常见的一种问题，黏性颗粒的膨胀和扩散是回灌井堵塞发生最多的情况，具体的表现是水中的离子和含水层黏土颗粒上的阳离子发生交换，产生化学反应，最终导致黏性颗粒的膨胀和扩散，这种原因引起的水源热泵堵塞可以通过注入CaCl2等来进行解决。

注入水中或者是当地的微生物在适宜条件下能够在回灌井的周围迅速繁殖形成生物膜，从而堵塞介质空隙，降低含水层的导水能力，想要防止生物膜的形成可以通过去除水中的有机质，或者是消毒杀死微生物。当回灌水井兼作抽水井的时候，反复的进行抽水和回灌很有可能会引起井壁周围的细颗粒介质的重组，这种堵塞一旦形成，就会很难处理，所以要减少回灌井用于抽水井的频率。

悬浮着的漂浮物太多也会堵塞孔隙，可能会使井的回灌能力不断的减小甚至是完全无法回灌，所以要通过处理水源热泵的井中的悬浮物防止回灌井堵塞。